Pastoral Juvenil Marista (PJM): grupos de jovens que promovem a evangelização e formação de lideranças por meio da convivência, da construção da consciência crítica, da solidariedade e espiritualidade marista.
Catequese: é oferecida a preparação para os sacramentos da Eucaristia e Crisma no próprio ambiente escolar. As aulas são ministradas semanalmente pela equipe de Pastoral.
Equipes representativas de Esporte: o Marista João Paulo II oferece horários para treinos das equipes representativas de Natação, Futsal, Judô, Basquete, Handebol e Vôlei. Os estudantes participam de uma seletiva para fazer parte de cada equipe e ao serem aprovados se comprometem a representar o colégio em torneios, olimpíadas e intercâmbios.
Clube do Teatro (6º ano EF ao EM): oferece aos estudantes o desenvolvimento de habilidades artísticas com orientação dos professores de teatro e música.
Plantão de Dúvidas e aprofundamento de estudos: é oferecido no turno inverso, dez dias antes das avaliações. Possibilita a revisão de conteúdos por intermédio de exercícios extras, aprofundamento e atendimento específico nos principais componentes curriculares, a partir do 6º ano EF ao EM.